Program Kedokteran dan Pendidikan Profesi Dokter telah memperoleh akreditasi “Baik” dari Perkumpulan Lembaga Akreditasi Mandiri Pendidikan Tinggi Kesehatan Indonesia dan Soegijapranata Catholic University juga telah memperoleh akreditas “Unggul” dari Badan Akreditas Nasional.
RS Sandjojo yang berada di area BSB sedang dalam proses pembangunan. Oleh karena itu kegiatan perkuliahan menggunakan kampus Bendan Duwur dan Kampus 2 UNIKA di BSB Semarang serta rumah sakit pendidikan utama di RSUD RAA Soewondo Pati.